קבלן הסוכנות לביטחון לאומי לשעבר, אדוארד סנודן, האחראי על הדלפת אלפי עמודים של מסמכי מודיעין מסווגים מארגון הריגול החשאי, מאמין כי האייפון מכיל "תוכנה מיוחדת" שניתן להפעיל מרחוק על ידי הרשויות למטרות איסוף מודיעין.
"אדוארד אף פעם לא משתמש באייפון, יש לו טלפון פשוט", אמר עורך דינו של סנודן בראיון שנערך לאחרונה.ציין על ידי ספוטניק. "לאייפון יש תוכנה מיוחדת שיכולה להפעיל את עצמה בלי שהבעלים יצטרך ללחוץ על כפתור ולאסוף מידע עליו, בגלל זה מטעמי אבטחה הוא סירב לקבל את הטלפון הזה".
לא ברור אם "התוכנה המיוחדת" שאליה מתייחסים מורכבת מכלי אבחון סטנדרטיים, או שסנודן מאמין שסוכנויות הביון האמריקאיות התפשרו על מערכת ההפעלה הניידת של אפל.
אפל הייתה אחת החברות הראשונותנֶאְשָׁםשל השתתפות ביוזמת PRISM של כריית נתונים של ה-NSA, בעקבות שחרור של מאות מסמכי NSA מסווגים על ידי סנודן. נאמר כי פרויקט PRISM כלל חילוץ של "שמע, וידאו, תצלומים, הודעות דואר אלקטרוני, מסמכים ויומני חיבור המאפשרים לאנליסטים לעקוב אחר תנועותיו ואנשי הקשר של אדם לאורך זמן".
אפל הכחישה מיד את ההאשמה, ואמרה אז שהם "מעולם לא שמעו על PRISM" וכי הם "לא מספקים לשום סוכנות ממשלתית גישה ישירה לשרתים שלנו".
דליפות מאוחרות יותרנחשףכי ה-NSA יצרה תוכנת ריגול ממוקדת לאייפון, שהייתה נותנת לשירותי המודיעין גישה להודעות SMS, נתונים על הלוח, הזנות מיקרופון חיות ומידע מיקום. עדיין לא ברור עד כמה התוכנית הזו הצליחה, ואפל שוב הכחישה מעורבות.
"אפל מעולם לא עבדה עם ה-NSA כדי ליצור דלת אחורית באף אחד מהמוצרים שלנו, כולל אייפון."אמרה החברהבעקבות החדשות על הפרויקט. "בנוסף, לא היינו מודעים לתוכנית ה-NSA לכאורה המכוונת למוצרים שלנו. אכפת לנו מאוד מהפרטיות והאבטחה של הלקוחות שלנו".