יום לפני הגעתו של Apple Watch Nike+ לחנויות ולפתחי הדלת, נייק עדכנה את אפליקציית Nike+ Run Club שלה - משולבת באופן הדוק עם השעון במהדורה המיוחדת - עם מגוון תכונות, כולל תמיכה ב-Apple Music ו-GPS בכל דגמי השעונים התואמים .
משתמשים שלמועדון ריצהיכול להזרים לא רק את Apple Music, אלא את רשימות ההשמעה המותאמות אישית של נייקי. תמיכת ה-GPS כוללת את כל השעונים מסדרה 2, לא רק את Nike+, ומאפשרת לאנשים לעקוב אחר המסלול שלהם מבלי לשאת אייפון בריצה.
מספר תכונות ספציפיות ל-watchOS 3, כגון פקדי Siri להפעלה, השהייה וסיום ריצה וקבלת קריאות שמע מרמקול Watch. כמה מאלה - כמו תזכורות ריצה והזמנות - הוקנטו בעבר כשאפל חשפה את ה-Nike+ Watch ב-7 בספטמבר.
בין השינויים האחרים ניתן למצוא מסך סיכום שעוצב מחדש, שיתוף קל יותר ומגוון תיקוני באגים, למשל להבטיח שכל הריצות יסונכרנו עם אפליקציית הבריאות של אפל, ושהגדרות ההפעלה יישארו במקומן לאחר העדכונים.
Apple Watch Nike+ זהה למעשה לדגמי סדרה 2 הרגילים, אך מגיע עם Run Club, לוחות שעונים נוספים, ומעל לכל גרסה קלה יותר ומחוררת של Sport Band.
